Tuntutan masyarakat akan pelayanan kesehatan yang bermutu membutuhkan ketersediaan tenaga kesehatan yang kompeten dan berintegritas serta berdedikasi tinggi. Perkembangan ilmu pengetahuan, teknologi bidang kesehatan dan informasi serta arus globalisasi juga menuntut tenaga kesehatan profesional yang bermutu.
Keberadaan Balai Pelatihan Kesehatan (Bapelkes) Batam dimulai saat diresmikan pada tanggal 19 Februari 2010 dengan nama UPT Pelatihan Kesehatan Batam merupakan upaya untuk menjawab tantang tersebut. Dimulai dengan semangat peningkatan dan pemantapan mutu kompetensi SDM kesehatan yang diharapkan dapat mendukung kebutuhan pembangunan kesehatan untuk melindungi masyarakat, sebagai pelaku pembangunan kesehatan dan konsumen pelayanan kesehatan.
UPT Pelatihan Kesehatan Batam berganti nama menjadi Bapelkes Batam seiring dengan dikeluarkannya Permenkes No.947/MENKES/PER/VII/2010 tanggal 12 Juli 2010 tentang organisasi dan tata kerja Bapelkes Batam yang mempunyai tugas melaksanakan pendidikan dan pelatihan serta pengembangan sumber daya manusia kesehatan dan masyarakat yang meliputi diklat kesehatan dan non kesehatan. Dengan Satuan Kerja ditetapkan pada tanggal 13 Agustus 2010 untuk mejalankan roda organisasi.
Bapelkes Batam dalam pelaksanaannya sebagai satker di lingkungan BBPSDM Kesehatan sebagai wadah pelatihan bagi SDM kesehatan dan masyarakat berdasarkan kajian kebutuhan pelatihan, peningkatan kemitraan dengan semua pemangku kepentingan (Pemerintah, Pemerintah Daerah, Swasta dan Masyarakat) meningkatkan mutu melalui akreditasi pelatihan dan institusi, selanjutnya dukungan manajemen dan pelaksanaan tugas teknis dan kegiatan lainnya pada program pelatihan.
Bapelkes Batam dalam melaksanakan pelatihan di bidang kesehatan bagi SDM Kesehatan dan masyarakat dipertegas dengan dideklarasikannya Bapelkes Batam sebagai Sentra Pelatihan Keperawatan oleh Kepala Badan PPSDM Kesehatan pada tanggal 1 Desember 2010.
Hal tersebut diatas menjadi prioritas program kegiatan pelatihan untuk SDM Kesehatan dan masyarakat dengan proporsi pelatihan teknis keperawatan lebih besar. Hal ini mendukung deklarasi dan sarana serta prasarana yang tersedia di Bapelkes Batam untuk melaksanakan pelatihan tersebut.