Struktur Organisasi yang ada di Balai Pelatihan Kesehatan Batam dibentuk Berdasarkan Peraturan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor 11 Tahun 2023 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Bidang Pelatihan Kesehatan di Lingkungan Kementerian Kesehatan
